En vertu du programme de surveillance des variants géré par le Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) de l’INSPQ, le Québec a rapidement déployé la surveillance du variant Omicron. Le premier cas de variant Omicron au Québec a été confirmé par séquençage du génome le 29 novembre dernier. Un test de criblage a été utilisé pour dépister les cas d’Omicron présomptifs à partir des cas positifs au SRAS-CoV-2 des voyageurs et de leurs contacts.

Afin d’avoir un portrait de la situation au Québec et de vérifier si ce nouveau variant préoccupant circule déjà dans la communauté, le LSPQ a aussi réalisé deux enquêtes ponctuelles pour déterminer par criblage le nombre de variants Omicron parmi les cas positifs au SRAS-CoV-2. L’enquête du 30 novembre n’a révélé aucun cas du variant Omicron, mais l’analyse de criblage du 14 décembre qui n’est pas encore terminée établit la prévalence d’Omicron à au moins 28 %.

La région Mauricie Centre-du-Québec également touchée par la vague 

Selon les informations obtenues auprès du CIUSSS/MCQ, 37 nouveaux cas se sont ajoutés dans la MRC de Drummond au cours des 24 dernières heures. La région enregistre une hausse importante d’hospitalisation avec 32 personnes admît dans les centres hospitaliers alors que 8 patients ont été admis aux soins intensifs. Au total ce sont 228 cas supplémentaires qui ont été recensés dans la région par le CIUSSS/MCQ, soit 147 au de plus au Centre-du-Québec et 81 pour la région de la Mauricie.

Depuis quelques jours, le LSPQ a mis en branle une nouvelle stratégie de criblage en collaboration avec quatre laboratoires sentinelles, afin de mieux suivre la progression du variant Omicron dans la province. Une portion des cas positifs dépistés dans les installations du Centre hospitalier universitaire de Québec (CHU de Québec-Université Laval), du Centre hospitalier universitaire de Montréal (CHUM), du Centre universitaire de santé McGill (CUSM) et de l’Hôpital de Saint-Eustache de la grappe Laval-Laurentides-Lanaudière sont criblés pour le variant Omicron.

Les analyses des laboratoires sentinelles révèlent une progression très rapide du variant Omicron, avec une prévalence se situant à environ 80 %, et ce à peine trois semaines après le premier cas confirmé au Québec. Cela signifie que 8 infections au SRAS-CoV-2 sur 10 sont attribuées au variant Omicron.

Considérant la vitesse à laquelle Omicron s’est installé dans les autres pays et ailleurs au Canada, il n’est plus pertinent ni réaliste de tenter de le freiner par le criblage systématique des cas positifs et une gestion différente des cas et des contacts. Il est toutefois utile de continuer à documenter la vitesse d’installation du variant au Québec afin de raffiner nos projections et nos modélisations et ainsi mieux anticiper l’impact réel de ce variant Omicron sur la situation épidémiologique, en particulier sur les hospitalisations de courte durée et aux soins intensifs.

Le LSPQ poursuit la surveillance du variant Omicron avec les laboratoires sentinelles, en plus de cribler les échantillons du Nunavik et de poursuivre le criblage et le séquençage prioritaires des voyageurs. Tous les voyageurs revenant de l’étranger qui s’avèrent positifs au test de dépistage font ainsi l’objet d’un test de criblage pour détecter la présence du variant Omicron. Les cas de voyageurs positifs au criblage doivent être confirmés par séquençage du génome.

Cette approche ne permet pas d’obtenir un portrait précis de la situation dans chaque région, mais permet d’apprécier la vitesse de remplacement du variant Delta par le variant Omicron. Compte tenu de la vitesse de remplacement observée dans les laboratoires sentinelles, tout porte à croire qu’un remplacement rapide équivalent s’opérera dans l’ensemble de la province, à quelques jours près.

Un variant hautement transmissible

Le nouveau variant de lignée B.1.1.529 a été détecté le 25 novembre dernier en Afrique du Sud. Il a été nommé Omicron et désigné variant préoccupant par l’Organisation mondiale de la santé le 26 novembre, en raison de l’augmentation exponentielle des cas de la COVID-19 déclarés. Des sous-lignées de B.1.1.529, désignées BA.1, BA.2 et BA.3, sont aussi apparues depuis et sont également nommées Omicron.

Le variant Omicron inquiète en raison de ses nombreuses mutations dans son génome, dont 26 à 34 dans la protéine de spicule (Spike). Plusieurs de ces mutations sont associées à une infectiosité accrue ou à un échappement immunitaire, c’est-à-dire une résistance partielle aux anticorps induits par la vaccination ou une infection naturelle par le SRAS-CoV-2. Il serait aussi beaucoup plus transmissible que le variant Delta, avec un temps de doublement de 1,5 à 3 jours. Il existe encore peu de données sur la gravité clinique du variant Omicron et de la manière dont il est influencé par la vaccination ou l’immunité préexistante.

Données sur le variant Omicron

L’Institut national de santé publique du Québec ne publie que les données des cas de variant Omicron confirmés par des analyses de laboratoire, c’est-à-dire les cas présomptifs par criblage et les cas confirmés par séquençage du génome. Étant donné la progression très rapide du variant Omicron au Québec, ces résultats ne présentent qu’un portrait très partiel de la situation au Québec.