Le jeune Edward passa son enfance à Wickham puis, s’inscrivit dans les classes de langue anglaise du Collège de Saint-Hyacinthe où il étudia de septembre 1855 à juin 1857. Ceux qui l’ont connu à l’époque le décrivent comme « d’un caractère remuant et aventureux à l’extrême ». Le jeune Doherty ne tarda pas à leur donner raison. De 1858 à 1859, il étudie le droit avec l’honorable Louis-Victor Sicotte, député de Saint-Hyacinthe. Mais la pratique du droit n’était pas faite pour Edward qui, comme près d’un million de Canadiens aux XIXe et XXe siècles, quitte bientôt la colonie pour les États-Unis.

Il se rend à Boston où il travaille d’abord comme commis-voyageur. Mais les États-Unis sont déchirés sur la question de l’esclavage. Les États du Sud dont l’économie de plantation repose sur le travail forcé des esclaves d’origine africaine, accuse le candidat républicain à la présidence, Abraham Lincoln de vouloir l’abolir.  Lorsqu’il est élu en 1860, la crise éclate : le 20 décembre 1860, la Caroline du sud se déclare indépendante. Dix autres États suivront : le Mississippi, la Floride, l’Alabama, la Géorgie, la Louisiane, le Texas, la Virginie, l’Arkansas, le Tennessee et la Caroline du Nord. Les États sécessionnistes se regroupent en « États confédérés d’Amérique » et se choisissent comme président Jefferson Davis. Le 12 avril 1861, les premiers coups de canon de ce qu’on appellera la « guerre de Sécession » (« Civil War » aux États-Unis) sont tirés et le conflit durera quatre ans.

Immédiatement, l’aventureux Québécois s’engage dans l’armée de l’Union. Comme il est à New York au moment du déclenchement des hostilités, c’est dans le 71^e régiment newyorkais qu’il s’engage. Cela lui donnera l’occasion de rencontrer le président Lincoln en personne lors d’une visite. Peu après, il est blessé à la bataille de Bull Run et fait prisonnier par les Sudistes. Après un séjour infernal dans un hôpital confédéré où les conditions d’hygiène sont misérables, il est intégré à un convoi de prisonniers destiné à être amené dans le sud. Avec deux autres soldats nordistes, il s’évade. Les trois hommes marchent pendant sept jours dans les forêts et les marécages avant de finalement rejoindre un camp de leur propre armée.

Ayant à peine pris le temps de manger, Doherty demande à retourner au front. Les journaux américains parlent de lui comme d’un héros. Il est promu au grade de Premier Lieutenant et, en 1863, alors que la guerre dure depuis deux ans, il est assigné au 16^e régiment de New York, pour assurer la défense de la ville de Washington en cas d’attaque.

Il est encore à ce poste, quand, le 14 avril 1865, un sudiste fanatique, l’acteur John Wilkes Booth, assassine le président Lincoln dans un théâtre de Washington. Le Wickhamois est chargé de diriger une patrouille pour retrouver l’assassin. Il y parvient en 12 jours, retrouvant Booth dans une ferme de Virginie. L’assassin tente de résister, sortant une arme à feu et un des soldats de Doherty l’abat. Ironie du sort pour le Québécois, on trouve dans les poches du cadavre de l’argent canadien qui prouve qu’il a séjourné récemment à Montréal, où se trouvent de nombreux sympathisants du Sud. Par la suite, Doherty poursuit sa carrière militaire dans le 5^e de cavalerie et participe à la guerre contre les Cheyennes, une tribu des prairies, en 1869. L’année suivante, toutefois, il fut « honorablement libéré » de l’armée à la suite d’une série de violentes altercations et comportements indisciplinés qui, aujourd’hui, feraient sans doute diagnostiquer un choc post-traumatique.

De retour à la vie civile, Edward P. Doherty se mariera et finira par se trouver un emploi lucratif comme inspecteur des travaux publics à New York. À sa mort en 1897, le New York times lui rendra hommage avec un article soulignant son rôle dans la capture de l’assassin de Lincoln.